Lapin yliopiston hallitus on kokouksessaan 12.12.2011 nimennyt vararehtoreiksi ajalle 1.1.2012–31.12.2014 professorit Kaarina Määtän ja Minna Uotilan. Yliopiston rehtorin Mauri Ylä-Kotolan ja päätoimisen vararehtorin Jukka Mäkelän toimikaudet päättyvät myös 31.12.2014.

Rehtori Mauri Ylä-Kotola vastaa yliopiston operatiivisesta johtamisesta ja strategisesta suunnittelusta, toiminnan ohjauksesta ja rahoituksesta, professorin tehtävään ottamisesta ja irtisanomisesta, laadunvarmistuksesta, kansainvälisistä asioista, ulkosuhteista ja viestinnästä sekä yliopiston hallituksen käsittelemien asioiden esittelystä ja toimeenpanosta.

Hallintovararehtori Jukka Mäkelä toimii rehtorin sijaisena hänen poissa ollessaan ja vastaa lisäksi itsenäisesti työnantaja-asioista, henkilöstöasioista (pl. professorien nimittäminen ja irtisanominen), kiinteistö- ja tila-asioista, tietohallinnosta sekä Lapin korkeakoulukonsernin kirjastosta ja kielikeskuksesta yliopiston osalta.

Rehtorin ja hallintovararehtorin poissa ollessa heille em. työnjaon mukaan kuuluvia hallintotehtäviä hoitaa hallinto- ja lakiasiainjohtaja Markus Aarto.

Opetusvararehtori Kaarina Määttä vastaa perusopetuksesta ja opiskelusta, opetuksen ja ohjauksen kehittämisestä, opiskelijapalautteesta, avoimesta yliopistosta ja virtuaaliopetuksesta.

Tiedevararehtori Minna Uotila vastaa yliopiston tutkimustoiminnan koordinoinnista, kilpaillun koti- ja ulkomaisen tutkimusrahoituksen hankinnan edistämisestä, tutkijakoulutuksesta ja strategisten tutkimuskärkien toiminnan koordinoinnista ja kehittämisestä sekä Suomen Akatemian hankkeiden sähköisestä hyväksymisestä.