Tieteenalakohtainen tohtoriohjelma kokoaa yhteen erilaisia tutkimusalalähtöisiä opintopolkuja noudattavat väitöskirjatutkijat. Tohtoriohjelma on yliopistomme ohjelmista laajin, ja siihen kuuluu väitöskirjatutkijoita kaikista yliopistomme tiedekunnista.
Tohtoriohjelman tutkimus on aiheiltaan ja lähestymistavoiltaan vapaata sekä yliopiston profiilista riippumatonta. Ohjelmaan kuuluvat myös kaikki erilaisissa kansallisissa tohtorikoulutuksen verkostoissa opiskelevat yliopistomme väitöskirjatutkijat.
Tieteenalakohtaisessa tohtoriohjelmassa seuraat tiedekuntasi tohtorikoulutuksen rakenteita:
Kasvatustieteiden tiedekunta
Oikeustieteiden tiedekunta
Taiteiden tiedekunta
Yhteiskuntatieteiden tiedekunta