Lapin yliopiston tutkijakoulu suosittelee, että väitöskirjatutkija ja tiedekunnan nimeämä pääohjaaja laativat tohtoriopintojen alussa ohjaussopimus ja henkilökohtaisen jatko-opintosuunnitelman eli JOPSin, jotka voi yhdistää halutessaan samaan asiakirjaan. Dokumentin sisältöä on syytä tarkistaa ja päivittää väitöstutkimuksen edetessä.
TENK:in ohjeiden mukaan ohjaussopimuksessa kannustetaan sopimaan ainakin seuraavista seikoista:
• väitöskirjan tavoitteista
• opintojen suunnitellusta aikataulusta
• opiskelijan ja ohjaajan vastuista, velvollisuuksista ja oikeuksista
• opinnoista sekä ohjaustapaamisiin valmistautumisesta
• ohjauksen periaatteista ja ohjauskerroista
• ohjaukseen liittyvien ongelmien ratkaisemisesta
• kirjoittajuudesta artikkeliväitöskirjoissa sekä yhteisartikkeleissa
• artikkelien valmistumis- ja arviointiin lähettämisen periaatteista
• tutkimusaineiston keruusta, käytöstä ja jatkokäytöstä
• ulkopuolisten tahojen osallistamisesta tutkimukseen
• tutkimukseen liittyvistä tutkimuseettisistä menettelytavoista
• eettisen ennakkoarvioinnin tarpeesta
• mahdollisesta kaksoistutkinnosta ja suorittamistavasta