Lapin yliopiston tutkijakoulu suosittelee, että väitöskirjatutkija ja tiedekunnan nimeämä pääohjaaja laativat tohtoriopintojen alussa ohjaussopimus ja henkilökohtaisen jatko-opintosuunnitelman eli JOPSin, jotka voi yhdistää halutessaan samaan asiakirjaan. Dokumentin sisältöä on syytä tarkistaa ja päivittää väitöstutkimuksen edetessä.
TENK:in ohjeiden mukaan ohjaussopimuksessa kannustetaan sopimaan ainakin seuraavista seikoista: • väitöskirjan tavoitteista • opintojen suunnitellusta aikataulusta • opiskelijan ja ohjaajan vastuista, velvollisuuksista ja oikeuksista • opinnoista sekä ohjaustapaamisiin valmistautumisesta • ohjauksen periaatteista ja ohjauskerroista • ohjaukseen liittyvien ongelmien ratkaisemisesta • kirjoittajuudesta artikkeliväitöskirjoissa sekä yhteisartikkeleissa • artikkelien valmistumis- ja arviointiin lähettämisen periaatteista • tutkimusaineiston keruusta, käytöstä ja jatkokäytöstä • ulkopuolisten tahojen osallistamisesta tutkimukseen • tutkimukseen liittyvistä tutkimuseettisistä menettelytavoista • eettisen ennakkoarvioinnin tarpeesta • mahdollisesta kaksoistutkinnosta ja suorittamistavasta